└─ 医学大数据挖掘系列课程 ->
├─ 7 识别癌症lncRNA预后标志物 ->
├─ lncRNA ->
└─ 资料 ->
├─ 程序 ->
├─ 5-生存分析.R - 9.17 KB
├─ 4-LASSO-lncRNA对GSE打分.R - 4.25 KB
├─ 3-LASSO.R - 1.98 KB
├─ 2-limma.R - 1.3 KB
└─ 1-探针表达谱到lncRNA标准化表达谱.R - 4.69 KB
└─ 数据 ->
└─ Result ->
├─ 列线图.pdf - 2.93 KB
├─ heatmap.pdf - 34.26 KB
├─ STAGE3&4.pdf - 3.12 KB
├─ STAGE1&2.pdf - 2.81 KB
├─ LASSO.pdf - 3.79 KB
├─ GSE62254stage预测分类ROC.pdf - 1.85 KB
├─ GSE62254_dfs_type.pdf - 3.77 KB
└─ GSE62254_RISKSCORE_ROC.pdf - 2.92 KB
├─ 课时07.见本课程PC端左下角参考资料.swf - 4.34 MB
├─ 课时06.基于lncRNA表达谱识别癌症潜在预后标志物(代码补充).avi - 423.47 MB
├─ 课时05.Part5&lncRNA验证及功能分析.avi - 34.12 MB
├─ 课时04.Part4&预后相关lncRNA的识别.avi - 26.96 MB
├─ 课时03.Part3&差异表达lncRNA的获取.avi - 24.63 MB
├─ 课时02.Part2&数据获取及预处理.avi - 122.62 MB
└─ 课时01.Part1&分析流程概述.avi - 20.98 MB
├─ 6 多组转录组筛选癌症预后标志物 ->
├─ 多组转录组筛选癌症预后标志物 ->
└─ 最终程序 ->
├─ 6.多cox生存分析.R - 2.93 KB
├─ 5.单因素生存分析.R - 5.97 KB
├─ 5.单因素生存内部交叉验证.R - 3.14 KB
├─ 5.利用正常样本对单cox进行验证.R - 3.77 KB
├─ 5.利用TCGA数据对单cox结果验证.R - 2.35 KB
├─ 4.差异表达.R - 2.17 KB
├─ 3.验证批次效应：线性回归.R - 1.5 KB
└─ 3.验证批次效应：热图.R - 1.2 KB
├─ 课时07.数据和代码下载见pc端左下角参考资料.swf - 6.12 MB
├─ 课时06.联合多组转录组数据筛选癌症预后标志物讲解.avi - 415.6 MB
├─ 课时05.Part5&生存相关基因的识别和验证.avi - 80.68 MB
├─ 课时04.Part4&差异表达分析.avi - 2.41 MB
├─ 课时03.Part3&批次效应校正及效果评估.avi - 25.85 MB
├─ 课时02.Part2&数据获取及预处理.avi - 168.86 MB
└─ 课时01.Part1&分析流程概述.avi - 12.06 MB
├─ 5 癌症亚型间特异基因表达突变模式 ->
├─ 生信套路分析-识别癌症亚型间特异性基因表达和突变模式 ->
└─ 资料 ->
├─ 程序 ->
└─ 代码.R - 7.65 KB
└─ 数据 ->
├─ tcga ->
├─ 标准化-tcga.txt - 31.03 MB
├─ 图片1.png - 156.34 KB
├─ tcga_sub.cls - 379 B
├─ tcga_huatu_1.txt - 8.82 KB
├─ tcga_huatu.txt - 2.28 KB
├─ tcga_exp.gct - 802.55 KB
├─ tcga-亚型.txt - 3.43 KB
└─ tcga-sub.txt - 3.43 KB
├─ mutsig ->
├─ result.txt - 15.63 KB
├─ mutation_type_dictionary_file.txt - 2.61 KB
├─ gene.covariates.txt - 367.74 KB
├─ TCGA.ESCA.varscan.9dab6855-ba5e-4afb-b3a0-f034a6f82eb2.DR-10.0.somatic.maf - 54.84 MB
└─ EAC.output.txt - 1.26 MB
├─ GSE898 ->
├─ 标准化-898_1.txt - 32.19 MB
├─ 标准化-898.txt - 50.69 MB
├─ 标准化-898.png - 186.83 KB
├─ 标准化-898.cdt - 26.9 MB
├─ 标准化-898.atr - 3.91 KB
├─ express-898.txt - 17.73 MB
├─ consensus014.png - 3.74 KB
└─ consensus002.png - 3.6 KB
├─ GSE417 ->
├─ 标准化-417_1.txt - 15.77 MB
├─ 标准化-417.txt - 22.99 MB
├─ express-417.txt - 11.89 MB
├─ consensus015.png - 3.38 KB
├─ consensus014.png - 3.72 KB
├─ consensus013.png - 5.02 KB
├─ consensus012.png - 3.65 KB
└─ consensus011.png - 3.54 KB
├─ gsea-3.0.jar - 9.03 MB
└─ cluster.exe.lnk - 1.16 KB
├─ 课时10.见本课程pc端左下角参考资料.swf - 8.54 MB
├─ 课时09.识别癌症亚型间特异性基因表达和突变模式（程序补充）.avi - 219.51 MB
├─ 课时08.Part8&GEO数据集验证.avi - 5.21 MB
├─ 课时07.Part7&亚型的生物标志物.avi - 15.2 MB
├─ 课时06.Part6&亚型特异性体细胞突变.avi - 129.12 MB
├─ 课时05.Part5&亚型的生物学过程.avi - 95.85 MB
└─ 课时04.Part4&亚型特异性基因获取.avi - 2.76 MB
├─ 4 基因表达甲基化识别肿瘤预后因子 ->
├─ 基于基因表达和甲基化分析识别肿瘤预后因子联合分析 ->
└─ 资料 ->
├─ 程序 ->
├─ 3-关键基因验证.r - 15.24 KB
├─ 2-关键基因筛选.r - 3.28 KB
└─ 1-数据预处理.r - 24.5 KB
└─ 数据 ->
├─ 生存 ->
├─ 说明文档.docx - 15.21 KB
├─ 表达和甲基化生存相关的基因取交集+TCGA数据整理.R - 2.24 KB
├─ 差异表达差异甲基化取交集+甲基化谱整理.R - 1.38 KB
├─ 差异表达差异甲基化取交集+mRNA表达谱整理.R - 1.32 KB
├─ 基因甲基化谱与生存数据合并+生存分析.R - 1.61 KB
├─ methy_diff_gene.txt - 215.41 KB
├─ methy_cox_gene_0.05.txt - 11.68 KB
└─ mRNA与生存数据合并+生存分析.R - 1.58 KB
├─ 差异甲基化分析 ->
├─ 说明文档.docx - 14.01 KB
├─ 生存样本的甲基化谱27-10.R - 2.23 KB
├─ 合并不同甲基化的基因甲基化谱_均值.R - 725 B
├─ mathylation_result.xlsx - 5.98 MB
├─ mad.R - 601 B
├─ CGGA_methylation_uni_result.txt - 9.36 MB
├─ CGGA_methylation_result.txt - 18.16 MB
└─ CGGA_methylation_nolog_result.txt - 10.5 MB
├─ 关键基因验证-DLL3 ->
├─ 箱式图 ->
├─ GSE16011_clinical_DLL3.pdf - 21.23 KB
├─ CGGA_seq_IDH3_subtype.pdf - 11.4 KB
├─ CGGA_seq_DLL3_grade.pdf - 11.45 KB
├─ CGGA_seq_DLL3_IDH1_mut.pdf - 10.83 KB
├─ CGGA_array_mut+subtypes_DLL3.pdf - 22.8 KB
├─ CGGA_array_IDH3_subtybe.pdf - 11.06 KB
├─ CGGA_array_DLL3_grade.pdf - 22.37 KB
└─ CGGA_array_DLL3_IDH1_mut.pdf - 10.62 KB
├─ 程序 ->
├─ 热图.R - 1.52 KB
├─ TCGA_array_生存_DLL3-6.R - 1.67 KB
├─ GSE探针名匹配基因名.R - 1001 B
├─ GSE16011_clinical数据处理.R - 1.71 KB
├─ GSE16011_clinical_DLL3_grade.R - 597 B
├─ DLL3基因与GSE16011数据合并.R - 1.27 KB
├─ DLL3基因与CGGA_array生存数据合并-1.R - 989 B
└─ DLL3与TCGA_array生存数据合并-5.R - 1.34 KB
├─ 生存曲线 ->
├─ TCGA_array.pdf - 8.28 KB
├─ CGGA_seq.pdf - 5.41 KB
└─ CGGA_array.pdf - 5.23 KB
├─ ROC ->
├─ CGGA_seq_DLL3_5.pdf - 5.4 KB
├─ CGGA_seq_DLL3_3.pdf - 5.41 KB
├─ CGGA_array_DLL3_5.pdf - 5.4 KB
└─ CGGA_array_DLL3_3.pdf - 5.41 KB
├─ GSE16011 ->
├─ 说明文档.txt - 523 B
├─ 表达谱标准化.R - 1.7 KB
├─ GSE16011_series_matrix.txt - 56.6 MB
├─ GSE16011_gene_expfile.txt - 65.11 MB
├─ GSE16011_family.soft - 102.45 MB
├─ GPL8542_ID.txt - 267.07 KB
└─ Entranz_genesymble.txt - 223.64 KB
├─ 说明文档.txt - 523 B
├─ TCGA_seq_log2.txt - 57.25 MB
└─ TCGA_seq_OS_DLL3.txt - 6.54 KB
├─ mRNA差异表达分析 ->
├─ 说明文档.docx - 15.95 KB
├─ 提取生存相关样本基因表达谱65-33.R - 1.24 KB
├─ 合并不同探针的基因表达值_均值.R - 552 B
├─ mad.R - 537 B
├─ mRNA_result.xlsx - 13.01 MB
├─ CGGA_mRNA_turn.txt - 21.35 MB
├─ CGGA_mRNA_microarray_exp_result.txt - 21.37 MB
└─ CGGA_mRNA_microarray_exp.txt - 30.85 MB
├─ TCGA原始数据 ->
├─ TCGA_microarray.txt - 104.17 MB
└─ GBM Clinical BCR XML.merge.txt - 934.69 KB
├─ 课时07.代码和资料见pc端左下角参考资料.swf - 4.72 MB
├─ 课时06.基于基因表达和甲基化分析识别肿瘤预后因子（代码补充）.avi - 442.92 MB
├─ 课时05.Part5&DLL3基因表达水平验证.avi - 24.77 MB
├─ 课时04.Part4&预后相关差异基因的识别.avi - 6.44 MB
├─ 课时03.Part3&差异表达差异甲基化基因的获取.avi - 112.43 MB
├─ 课时02.Part2&数据获取及预处理.avi - 135.82 MB
└─ 课时01.Part1&分析流程概述.avi - 11.25 MB
├─ 3 识别自噬相关的预后标志物 ->
├─ 识别自噬相关的预后标志物 ->
└─ 资料 ->
├─ 程序 ->
├─ 高低风险组与临床信息.R - 4.26 KB
├─ 风险标记与基因突变.R - 3.31 KB
├─ 诺模图and校正曲线.R - 5.16 KB
├─ 独立预后因素.R - 9.17 KB
├─ 数据预处理.R - 3.67 KB
├─ gsea-3.0.jar - 9.03 MB
├─ Cox.R - 7.61 KB
└─ 3个独立集验证.R - 14.49 KB
└─ 数据 ->
├─ result ->
├─ 风险标记与基因突变 ->
├─ 突变条形图.jpg - 14.29 KB
├─ 热图.jpg - 157.23 KB
├─ tengene_sample.txt - 133.86 KB
├─ matrix.txt - 61.17 KB
├─ group.txt - 2.38 KB
├─ eightgene sample final.txt - 123.24 KB
└─ data_mutations_extended.txt - 6.89 MB
├─ 诺模图开发用于预测预后风险 ->
├─ 诺模图.jpg - 28.09 KB
├─ 校正曲线.jpg - 28.15 KB
├─ eightgene_sample.txt - 98.29 KB
├─ eightgene sample final.txt - 123.24 KB
└─ .Rhistory - 19.45 KB
├─ 自噬相关特征在分层数据 ->
├─ PFS ->
├─ 3stageIV.jpg - 12 KB
├─ 3stageIIIc.jpg - 12.31 KB
├─ 3stageIIIb.jpg - 10.89 KB
├─ 3stageIIIa.jpg - 11.81 KB
├─ 3grade3.jpg - 12.44 KB
├─ 3grade2.jpg - 11.65 KB
├─ 3Surgerysub.jpg - 12.47 KB
└─ 3Surgeryop.jpg - 12.74 KB
└─ OS ->
├─ 3stageIV.jpg - 16.49 KB
├─ 3stageIIIc.jpg - 14.09 KB
├─ 3stageIIIb.jpg - 11.98 KB
├─ 3stageIIIa.jpg - 10.25 KB
├─ 3grade3.jpg - 13.6 KB
├─ 3grade2.jpg - 12.97 KB
├─ 3Surgerysub.jpg - 13.52 KB
└─ 3Surgeryop.jpg - 14.24 KB
├─ 自噬相关微阵列表达谱 ->
├─ autophagy_sample_529.txt - 1.96 MB
├─ autophagy_GSE54388.txt - 184.01 KB
├─ autophagy_GSE51088.txt - 678.18 KB
├─ autophagy_GSE40595.txt - 635.19 KB
├─ autophagy_GSE38666.txt - 372.72 KB
├─ autophagy_GSE32062.txt - 85.57 KB
├─ autophagy_GSE27651.txt - 405.14 KB
└─ autophagy_GSE26193.txt - 883.4 KB
├─ 独立预后因素 ->
├─ 自噬相关信号是OV患者独立的预后因素.xlsx - 9.37 KB
├─ eightgene_sample.txt - 98.29 KB
├─ data_mutations_extended.txt - 6.89 MB
├─ data_expression_median.txt - 95.21 MB
├─ data_bcr_clinical_data_sample.txt - 240.74 KB
├─ data_bcr_clinical_data_patient.txt - 427.56 KB
└─ .Rhistory - 21.91 KB
└─ rawdata ->
├─ 课时11.左下角-参考资料.swf - 6.84 MB
├─ 课时10.识别自噬相关的预后标志物-程序讲解.avi - 517.37 MB
├─ 课时09.Part9&风险标记与基因突变的相关性.avi - 8.37 MB
├─ 课时08.Part8&癌症预后风险预测.avi - 8.74 MB
├─ 课时07.Part7&独立预后标志物的验证.avi - 13.59 MB
├─ 课时06.Part6&独立预后标志物的识别.avi - 7.69 MB
└─ 课时05.Part5&自噬相关标记与临床信息的相关性.avi - 11.8 MB
└─ 课程介绍.txt - 178 B
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